Olá.
Boa notícia! A Ms promete para abril de 2008 liberar uma mudança no Internet Explorer para que ele deixe de solicitar a ativação dos controles plugin. Aquela mensagem chata que aparece toda vez que você acessa uma página que possui um plugin do Flash ou do Windows Media Player "Clique para ativar este controle" ou "Click to activate".
Este comportamento foi introduzido devido a um processo entre a MS e uma empresa chamada Eolas (a qual patenteou, basicamente, o ato de carregar um plugin num documento de hipertexto).
O time do IE promete liberar esta mudança num patch cumulativo em abril de 2008, porém, indica também que estará disponível em dezembro de 2007 como uma atualização opcional.
Até o momento a melhor forma de contornar esse comportamento é carregar o plugin indiretamente, ou seja, carregá-lo de um arquivo JS externo à página ao invés de carregá-lo direto na página.
Leia o post no blog do time do IE ou o artigo na Wikipedia sobre o processo entre a MS e a Eolas.
Eduardo.